錬金術が現実の技術として存在している世界――
その中で、錬金術師によって世界征服を目論むルドン帝國はキメラ製造のための研究所を建設した。
帝國のA級錬金術師アルトは軍規を破った罪によりキメラ研究所で実験体となるはずだったが、研究所の若き所長エリザにその命を救われる。
そして、同じく高位錬金術師であるフルルやヒルデとともに、キメラ製造計画に携わることに。
その研究所で行われる実験は想像を絶するものだった……